Qendra për Mirëkuptim dhe Bashkëpunim Institucional ka reaguar ashpër ndaj ngritjes së kishës në Kalanë e Shkupit, për të cilën pretendohet se është pjesë muzeale. “Përbuzja dhe injorimi që iu bë kulturës shqiptare në Programin vjetor për vitin 2011, dhe fillimi i ngritjes së ‘muzeut në formë të kishës’ në Kalanë e Shkupit, janë dëshmi e qartë e arrogancës ekstreme të politikanëve maqedonas dhe neglizhencës absurde të kolegëve të tyre shqiptarë në qeveri”, theksohet në reagimin e kësaj qendre. Sipas tyre, insistimi i drejtorit të Drejtorisë për mbrojtjen e monumenteve kulturore-historike, Pasko Kuzman, se objekti në fjalë nuk do të ketë funksionin e kishës, por do të jetë muze arkeologjik, si dhe krahasimi i këtij ndërtimi të egër me Çarshi Xhaminë e Prilepit, të shkatërruar e djegur gjatë vitit 2001, janë edhe një dëshmi se sa larg kanë shkuar në vendin tonë injoranca dhe çmenduria. “Për më shumë, kur e gjithë kjo po bëhet kinse mbi themelet e një kishe që paska ekzistuar në atë vend deri në shekullin e 14, në kohën kur vetëm disa qindra metra më tej po pamundësohet njohja e themeleve të Xhamisë Burmali dhe ngritja e sërishme e saj, e shkatërruar 85 vjet më parë”, thuhet në reagimin e Qendrës për Mirëkuptim dhe Bashkëpunim Institucional